マルタで最も重要な建物で1577年にジェロラモ・カサールの設計で建てられた。聖ヨハネ大聖堂はマルタ騎士団の守護聖人ヨハネに捧げられた聖堂である。重要な建物の割には質素な外観を持つが、聖堂内はバロック様式の見事な装飾で飾られている。
大聖堂に隣接して美術館が併設されており、マルタに逃れてきたルネッサンス画家、カラヴァッジョの「聖ヨハネの斬首」はあまりにも有名な作品。
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